פנימיית כפר הנוער תו"מ מיועדת עבור תלמידי כיתות ט'-י"ב במסלולי הלימוד השונים הקיימים בכפר (לכיתות י"ג-י"ד קיימת פנימייה נפרדת המחוברת למכינה הקד"צ של המכללה). הפנימייה מתנהלת באווירה ביתית, בליווי צוות חינוכי מנוסה ומסור, המטפל בכל נער באהבה.
הצוות החינוכי של הפנימייה בהובלת מנהל הפנימייה כולל את צוות המדריכים, אימהות הבית והעובדות הסוציאליות, מהווים מעטפת הדוקה המלווה את התלמיד לאורך שעות היום והלילה, לכל צורך וקושי.
חיי החברה בפנימייה מגוונים, מלאים וכוללים מענה לכל צרכי הנערים. לרשות הנערים עומדים תשתיות פעילות רבות, כגון: מגרשי ספורט, חדר כושר עם ציוד מתקדם, בריכת שחייה (בקיץ), מרכז רפואי, ספרייה עשירה, מועדונים עם משחקי שולחן ועוד.
בשעות אחה"צ והערב נפתחת בפני התלמידים קשת רחבה של לימודי העשרה וחוגים: אומנויות לחימה, מוזיקה (גיטרה, קלידים, תופים, חלילית ועוד), בריקדנס, קפאורה, כדורגל, דרמה, ציור ועוד. כל זה לצד קיומו של מרכז הלמידה בפנימייה הדואג לשיעורי עזר ותגבור לימודי ע"י סטודנטים, וסדנאות כישורי חיים בנושאים שונים, כגון: מניעת התמכרויות, הכנה למבחני לשכת הגיוס, הכנה וליווי לצו ראשון, הכנה לחיי משפחה, קידום בריאות, התנהלות כלכלית נכונה ועוד.
בנוסף לחוגים, סדנאות ופעלויות שנועדו לקידום תלמידי הפנימייה, פנימיית הכפר רואה חשיבות בהטמעת חשיבות התרומה לסביבה והחיבור לקהילה, ומקיימת לצורך כך מספר פרויקטים התנדבותיים, כגון: פרוייקט בר מצווה, עמותת זית, השלמת מניינים ועוד.
תשומת לב מיוחדת ניתנת בפנימייה לאורח חיים בעל צביון דתי, בהובלת רב הכפר והצוות החינוכי. בבית הכנסת מתקיימות מדי יום שלוש תפילות ברוב עם, בשבתות (בהם שוהים התלמידים) זוכים לחוויה מרגשת ורוחנית, וכל מועד וחג נחגגים ומצוינים באווירה מיוחדת ומרגשת לצד הכנה לקראת החגים ע"י צוות הפנימייה והמחנכים.
מעל לכל עומדת לנגד הצוות החשיבות של פיתוח קשר אישי, עמוק ומשמעותי לבניין וחיזוק אישיותו של כל נער. יעידו כאלף עדים הקשרים הענפים של בוגרי הכפר ההולכים ונמשכים גם לאחר שנים רבות מסיום פרק הלימודים. אנו זוכים ללוות את בוגרינו בשמחות, בחתונות ובבריתות, וכן בשעת קושי ומשבר.הכפר ההולכים ונמשכים גם לאחר שנים רבות מסיום פרק הלימודים. אנו זוכים ללוות את בוגרינו בשמחות, בחתונות ובבריתות, וכן בשעת קושי ומשבר.